Υπάρχουν διάφοροι τρόποι αποκαφεϊνοποίησης, όπως με χρήση διοξειδίου του άνθρακα, με χημικούς διαλύτες και με τη χρήση απλού νερού. Όλες θεωρούνται ασφαλείς και έχουν το ίδιο αποτέλεσμα. Η αφαίρεση της καφεΐνης ωστόσο από μεγάλες εταιρίες καφέ γίνεται αποκλειστικά με νερό. Κάτι τέτοιο αναγράφεται στις συσκευασίες.
Κατά τη μέθοδο αυτή χρησιμοποιείται απλό ζεστό νερό για να απομακρύνει την καφεΐνη από τους κόκκους του καφέ σύμφωνα με το φαινόμενο της ώσμωσης, ακριβώς πριν το καβούρδισμά τους. Οι κόκκοι εμβαπτίζονται στο νερό και στη συνέχεια το διάλυμα φιλτράρεται απομακρύνοντας την καφεΐνη. Ακολουθεί η διαδικασία του καβουρντίσματος και της άλεσης όπου εκεί απελευθερώνονται τα φυσικά αρώματα του καφέ. Για το λόγο αυτό ο καφές DECAF διατηρεί όλο το άρωμα και τη γεύση του καφέ, χωρίς να περιέχει καφεΐνη.